من مهام هذه الشعبة إدارة البصمة الإلكترونية بجوانبها المختلفة، والتي تشمل الجوانب الإدارية والبرمجية والفنية، حيث تعمل الكوادر العاملة في هذه الشعبة على إدارة برنامج البصمة الإلكترونية، بالإضافة إلى متابعة أجهزة البصمة المتوزعة في مواقع العتبة العلوية المقدسة المختلفة، وكذلك تحديث بصمات المنتسبين.
وهي الوحدة المسؤولة عن تنصيب وصيانة أجهزة البصمة الإلكترونية، وإضافة وتحديث بصمات المنتسبين.
وهي الوحدة المسؤولة عن إدارة نظام البصمة (Bio Time) وإضافة وتعديل بيانات المنتسبين وبصماتهم في النظام.
وهي الوحدة المسؤولة عن تنظيم وارد وصادر الشعبة.
تسعى شعبة البصمة الإلكترونية إلى الرقي بالخدمات التي تقدمها لأحدث وأفضل الأنظمة المستخدمة في العالم لتنظيم دخول وخروج المنتسبين وبانسيابية تامة، مع حرصها على عوامل الموثوقية والأمان، للإرتقاء بأعمالها الى الشكل المثالي.